요즘 20대 청년들의 건강에 적신호가 커졌다는 분석이 있다. 당뇨와 우울, 5대암(위암·간암·유방암·자궁경부암·대장암), 알콜성 간질환, 화병(火兵), 공황장애, 통풍질환 등의 증가율이 다른 연령대보다 높아지고 있는데 그 이유가 학업과 취업난, 아르바이트 등으로 스트레스를 겪는 고단한 청년세대의 자화상이 신체건강에 영향을 미친 결과라는 것이다.    이에 따라 중앙병역판정검사소는 정확하고 공정한 병역판정을 넘어 청년의 건강을 지키고 청년에게 병역이행에 대한 자긍심을 주기 위해 아래와 같은 제도를 자체적으로 개발·운영하고 있다.  첫째 수검자(受檢者)가 제출한 의무기록 등을 검토한 결과 수검자가 판정을 요청한 질환뿐만 아니라 다른 질병이 의심되는 경우 수검자가 판정을 요청하지 아니한 질병에 대해서도 정밀검사를 할 수 있도록 검사 과목을 직권으로 추가 배정한 다음 모든 과목의 판정을 종합해 최종적으로 신체등급을 결정하고 있다.  둘째 병역판정검사에서 자체 의료장비로 확인할 수 없는 부분에 대해 국가 예산으로 외부 의료기관에 `정밀위탁검사`를 의뢰하고 민간 의료기관에서는 의뢰된 질환에 대해서 위탁검사 결과를 통보하던 방식을 개선해 정밀위탁검사 과정에서 의뢰한 질환 외 다른 질병이 의심돼 다른 추가적인 검사할 필요가 있다는 민간 의료기관의 소견을 받아 곧바로 위탁검사를 의뢰한 과목의 전담의사 및 의심 질병을 판정하는 과목의 전문·전담의사가 협진(浹辰)해 직권으로 추가 정밀위탁검사를 결정 및 실시하고 있다.  셋째 병역판정검사의사가 수검자의 희귀 질환 등 판정이 곤란한 경우 중앙신체등급판정심의위원회에 적극 회부해 심의위원(소장 및 전문(전담)의사 포함 7인 이상)의 의학적 전문성과 군생활 가능 여부 등을 면밀하게 분석하고 수검자가 참석해 본인의 의견을 개진할 수 있는 기회를 줘 신체등급을 판정하고 있다.  이와 같이 중앙병역판정검사소는 병무청 병역판정검사의 중추 기관으로서 국민의 요구에 부응하기 위해 수검자가 요청하지 아니한 질병에 대해서는 직권 과목분류를 도입해 병역판정하고 있으며 수검자가 인지하지도 못했던 질병에 대해서도 추가 정밀위탁검사를 통해 타 질환을 밝혀내 판정하고 있다.  또한 판정할 질환이 규정되지 않은 희귀 질환으로 인해 부당한 판정을 받지 아니하도록 중앙신체등급판정심의위원회를 적극적으로 운영하고 있다.  중앙병역판정검사소는 병역판정검사가 청년들에게 병역의무 부과를 위한 요식적인 절차가 아니라 `더 공정`하고 `더 정확`한 병역판정검사, 수검자 중심의 병역판정검사라는 것을 실질적으로 체험할 수 있도록 제도를 개선하는 등의 적극행정을 실천해 청년들의 건강을 지키기 위해 앞장서고 있으며 이를 통해 청년들의 가슴 속에 병역이행에 대한 자긍심을 일깨우도록 노력하고 있다.
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